《圖書館戰爭》的背景設定在西元 2019 年，「閱讀的自由」不再是人們享有的基本權利──以維繫社會秩序為由，日本政府訂立了「媒體良化法」，並成立「媒體良化組織」，針對危害社會風俗的不良媒體（書籍、雜誌等刊物）進行取締、銷毀，許多珍貴的書籍及資訊都在體制下被抹殺，整個社會宛若現代文字獄；為了與之抗衡，各地「圖書館」挺身而出，編制了武裝組織「圖書隊」來捍衛閱讀的自由，展開一連串激烈抗爭。

　　圖書隊的新入成員笠原郁（榮倉奈奈飾），高中時為了保護自己最想閱讀的書，捲入「媒體良化組織」所引爆的書店攻擊事件中，無助的她被一名圖書隊軍官拯救，從此便立志加入「圖書隊」成為守護圖書的一員。圖書隊隊員的訓練過程中相當艱苦，除了要面臨一大串的體能及知識訓練，與魔鬼教官堂上篤（岡田準一飾）的互相較勁，也讓郁吃足了苦頭……直至後續真槍實彈的戰爭引爆，才化解兩人的心結。笠原郁更經由這些事件體認自己的缺點，變得更加努力，進而對堂上教官產生了不一樣的情感……

　　書中多處描繪了「大型戰鬥」場景，原本連作者有川浩也認為不可能拍成電影的作品，最後因為「守護閱讀和思想自由」的理念，獲得日本防衛省的認同，拍攝過程中得到大力支援。