《神速の蓋諾賽克特 超夢覺醒》故事描述小智和皮卡丘一行人來到大城市「紐特市」，那裡設立了神奇寶貝專用居住設施「神奇寶貝山莊」，近期預定完工。在即將建造完成的神奇寶貝山莊前突然出現一隻紅色的神奇寶貝「赤紅蓋諾賽克特」以及其他蓋諾賽克特們。那是電漿團從三億年前的化石中，改造了基因並使其復活的神奇寶貝。他們失去了曾屬於他們的故鄉，因此將所見之物視為敵人進行破壞，而此時突然現身保護小智一行人的，竟然是傳說中的神奇寶貝「超夢」……！

　　同時上映短篇作品《皮卡丘與伊布☆好朋友》，故事描述某個炎熱的夏天，皮卡丘、牙牙、花椰猴及水水獺，在開滿花朵中的花田裡遇見了伊布家族中的新成員「ニンフィア」，並受到他的邀請來到森林深處。在那裡等著他們的，是伊布與同伴們一起生活的「伊布之家」！有愛撒嬌的雷精靈、害羞的火精靈、以及水精靈、太陽精靈、月精靈、葉精靈、冰精靈，就連喵喵和果然翁都以型男家庭主夫的造型大活躍？熱鬧滾滾的過夜派對即將登場。