《劇場(chǎng)版 忍者亂太郎 毒竹忍者隊(duì)最強(qiáng)之軍師》故事是以系列小說的經(jīng)典篇章改編，在原作故事中，土井老師與諸泉尊奈門決鬥後下落不明，當(dāng)一行人開始尋找土井老師的下落時(shí)，尊奈門與昆奈門居然成為他們的導(dǎo)師？而一名與土井長(zhǎng)相完全一樣的毒竹忍者隊(duì)軍師「天鬼」忽然現(xiàn)身在亂太郎一行人面前，面對(duì)最強(qiáng)的敵人現(xiàn)身，他們能跨過羈絆的考驗(yàn)，找回土井老師嗎？