《轉生惡女的黑歷史》故事描述，主角佐藤心晴有一本「黑歷史」。那是耗上整個國中時期所寫出來的一部轉生為伯爵千金心晴與騎士相愛的故事。10 年後，正當媽媽即將發現「黑歷史」的存在時，焦急的心晴卻遭逢車禍身亡，而當她再次睜開眼時，她已轉生為「黑歷史」故事中的最強惡女依雅娜。依雅娜是一名想要暗殺姊姊心晴的角色。心晴得快點想起「黑歷史」的內容，才能避免被插上死亡旗幟。為了把自己從「黑歷史」中救出，避免死亡旗幟的愛情喜劇就此拉起序幕。