《歡迎來到實(shí)力至上主義的教室》背景設(shè)定在一間樂園一般的高中──高度育成高中。校內(nèi)採(cǎi)用最新設(shè)備，並且每個(gè)月發(fā)放相當(dāng)於十萬圓的點(diǎn)數(shù)給予學(xué)生，並且號(hào)稱百分之百可進(jìn)入理想的大學(xué)和期望的職業(yè)。這間看似完美的學(xué)校，實(shí)際上卻是按照「實(shí)力」分班，唯有優(yōu)秀的人才擁有優(yōu)良待遇的實(shí)力至上主義學(xué)校。

 

　　男主角綾小路清隆身為避事主義者，在入學(xué)考時(shí)隱藏實(shí)力，故意放水，結(jié)果被分發(fā)到被譏笑為「瑕疵品班級(jí)」的 D 班。在那裡，他遇見了成績(jī)優(yōu)異，但不打算和任何人打交道的美少女堀北鈴音，以及體貼又溫柔，期望與每個(gè)人都成為朋友的少女櫛田桔梗。以成績(jī)來評(píng)斷，理應(yīng)不會(huì)在「最底層」的兩名少女，被評(píng)斷為「瑕疵品」的原因究竟為何？而為了達(dá)到各自的目標(biāo)，他們將會(huì)做出何種努力及決定呢？