這次全新系列的《寶可夢 地平線》，敘述來自帕迪亞地區的少女莉可，雖然沒有成為寶可夢大師或冠軍那樣遠大的夢想，但還是在家長的勸說下來到了關都地區的石英學園就讀。而在這裏她邂逅了自己的第一隻寶可夢新葉喵，並開始摸索與寶可夢的相處方式。

 

　　但誰知道才剛入學沒幾天，就有一個名叫「探索隊」的組織，以及一支自稱為「飛升伏特攻擊隊」的隊伍分別找上了她，而雙方人馬的目的竟然是要尋找她祖母留給她的神祕的太晶吊墜。而在兩批人馬大打出手波及到莉可時，吊墜發出了奇異的光芒擋下了攻擊，並在一時間變成了一隻龜型的神祕寶可夢後再度變回了吊墜。而本作就是以莉可的旅行和這個吊墜的秘密為核心，所展開的全新寶可夢物語。