《大奧》描述原本是讓日本將軍的妻子、側室以及女官們居住的「大奧」，由於一場只有男性會感染的死亡疫情，導致國家中的男性大幅減少。而由於男性減少，將軍這個職位便由女性繼承，大奧也成為供女將軍的私人後宮……。