《攻殼機動隊 SAC_2045》故事來到了 2045 年。在這期間發生了許多變化，公安 9 課解散、成員各奔東西，而 2044 年爆發了全世界的金融危機，各國錢幣都成為了廢紙，並且全世界也陷入了由大國為了促進經濟發起、卻面臨失控的「可持續性戰爭」。與此同時，名為「後人類」，擁有驚人智能與身體能力的存在出現在了世界上，而「攻殼機動隊」也再次被招集。