主角之一「莉可（リコ）」被贈與的項鍊有著什麼樣的秘密？在第一集中這個項鍊將會引起什麼樣的事件？而另一位主角「羅伊（ロイ）」所擁有的神祕精靈球又是……？「戰鬥寶可夢博士」弗里德（フリード）與搭檔「機長皮卡丘（キャプテンピカチュウ）」也在此登場！目標是未解的世界之謎，關鍵是不可思議的寶石，全新的冒險將由此展開。