戰鬥是活下去唯?的路，宇宙世紀 0079 年，距離地球最遙遠的宇宙殖民地：SIDE-3 以吉翁公國之名，向地球聯邦政府發起了戰爭。居住在 SIDE-7 的少年「阿姆羅?雷」，在吉翁軍的偵察任務中，偶然啟動了 MS「RX-78-2 鋼彈」，並擊毀兩臺 MS「MS-06F 薩克」。之後阿姆羅和難民們搭上了聯邦軍新開發的宇宙戰艦「白色基地」，?邊躲避吉翁軍的追擊，?邊繼續著旅程。在紅色彗星「夏亞?阿茲納布爾」的攻擊下，許多人失去了生命。但只要還活著，阿姆羅就必須駕駛鋼彈不斷的戰鬥下去……
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機動戰士鋼彈劇場版》為電視動畫第 1～13 話的內容加以改編及部分畫面重繪，《II 哀戰士篇》與《III 宇宙相逢篇》則分別為第 16～31 話和 31～43 話的內容。
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