在日本，存在著世界上最龐大的暗殺組織。曾經盛極一時的日本忍者，因為戰後 GHQ 強迫解散組織後消失無蹤。然而，事實上，忍者至今依舊暗中存在，人數據說多達 20 萬人。而且，部分「精銳」忍者，在國家級的對抗中負責執行秘密任務，相當活躍。不過，另一方面，下級忍者卻是經常拿不到工作，其中之一的雲隱九郎也一樣，過著宛如尼特族般的生活……