遊戲劇情描述因隧道崩塌事故為契機(jī)，主人公來到了惡魔跋扈的荒廢東京＜達(dá)識＞。與謎般男子＜青神＞融合成為禁忌存在＜創(chuàng)毘＞後，得到了與惡魔對抗的力量。
捲入事故而來到達(dá)識的，並非只有主人公一人。還有同屆的＜敦田結(jié)弦＞，以及＜太宰一郎＞。雖然各自都遇上了惡魔，但最後還是與主人公會合，並且三人也都平安回到了原本的東京。
在東京等待著三人的是，同屆的＜磯野上多緒＞。據(jù)多緒所言，在大家所居住的東京之外，還有另一個崩毀的東京＜達(dá)識＞存在。在達(dá)識之中，傳說中的惡魔們自黑暗覺醒，覬覦著東京以及人類們。與那些惡魔們對抗的組織則是＜伯特利＞，而多緒亦是隸屬於＜伯特利日本分部＞組織的一員。
結(jié)弦與一郎使用與惡魔對抗的力量＜惡魔召喚程式＞；主人公則是利用創(chuàng)毘之力，眾人決定以伯特利一員的身分來守護(hù)東京。
眾人才剛回到和平的學(xué)生生活，立刻就收到來自伯特利的緊急聯(lián)絡(luò)。原因是在東京各地似乎發(fā)現(xiàn)了惡魔。於是主人公們前往各地執(zhí)行防衛(wèi)及保護(hù)眾人的任務(wù)。與此同時(shí)，眾多的惡魔也入侵主人公們所就讀的繩印學(xué)園，向主人公同屆的同學(xué)，樹島沙保里伸出魔手 ——
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