本作故事描述，在第二次新吉翁戰(zhàn)爭(zhēng)（夏亞叛亂）結(jié)束後 12 年，時(shí)值 U.C.0105 年――即使經(jīng)歷過理應(yīng)能揭櫫人類與宇宙世紀(jì)未來的“阿克西斯震撼”，世界卻依舊處於混亂狀態(tài)中，不時(shí)會(huì)發(fā)生軍事衝突。地球聯(lián)邦政府也變得更為腐敗，高層不僅加速了汙染地球的狀況，甚至持續(xù)執(zhí)行強(qiáng)制平民遷住太空的不人道政策「獵人頭」。
此時(shí)挺身對(duì)抗地球圈腐敗現(xiàn)況的，正是「馬法提?納比尤?艾林」這號(hào)人物所率領(lǐng)的反地球聯(lián)邦政府組織「馬法提」。雖然他們採取了接連暗殺地球聯(lián)邦政府高官的激進(jìn)恐怖攻擊手段，在不滿聯(lián)邦政府的民眾中卻也獲得了一定程度支持。
那名自稱「馬法提」進(jìn)行指揮的人物，其實(shí)是曾參與過一年戰(zhàn)爭(zhēng)的地球聯(lián)邦軍軍官布萊特?諾亞之子，亦即親自參與過阻止夏亞叛亂行動(dòng)的哈薩威?諾亞。切身了解阿姆羅?雷、夏亞?阿茲納布爾雙方理念與理想的他，如今化身為繼承這兩人意志的戰(zhàn)士，策劃了藉由武力抗?fàn)庨_拓未來道路的行動(dòng)。然而與聯(lián)邦軍上校肯尼斯?史萊格以及神秘美少女琪琪?安達(dá)魯西亞的邂逅，大幅地改變了他的命運(yùn)。
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