本作故事描述，在第二次新吉翁戰(zhàn)爭（夏亞叛亂）結(jié)束後 12 年，時值 U.C.0105 年――即使經(jīng)歷過理應(yīng)能揭櫫人類與宇宙世紀(jì)未來的“阿克西斯震撼”，世界卻依舊處於混亂狀態(tài)中，不時會發(fā)生軍事衝突。地球聯(lián)邦政府也變得更為腐敗，高層不僅加速了汙染地球的狀況，甚至持續(xù)執(zhí)行強(qiáng)制平民遷住太空的不人道政策「獵人頭」。

 

　　此時挺身對抗地球圈腐敗現(xiàn)況的，正是「馬法提?納比尤?艾林」這號人物所率領(lǐng)的反地球聯(lián)邦政府組織「馬法提」。雖然他們採取了接連暗殺地球聯(lián)邦政府高官的激進(jìn)恐怖攻擊手段，在不滿聯(lián)邦政府的民眾中卻也獲得了一定程度支持。

 

　　那名自稱「馬法提」進(jìn)行指揮的人物，其實是曾參與過一年戰(zhàn)爭的地球聯(lián)邦軍軍官布萊特?諾亞之子，亦即親自參與過阻止夏亞叛亂行動的哈薩威?諾亞。切身了解阿姆羅?雷、夏亞?阿茲納布爾雙方理念與理想的他，如今化身為繼承這兩人意志的戰(zhàn)士，策劃了藉由武力抗?fàn)庨_拓未來道路的行動。然而與聯(lián)邦軍上校肯尼斯?史萊格以及神秘美少女琪琪?安達(dá)魯西亞的邂逅，大幅地改變了他的命運。