《
新櫻花大戰(zhàn) the Animation》故事描述在大正 30 年,帝都東京終於回歸了和平。帝國華擊團(tuán)花組的隊(duì)長神山誠十郎因?yàn)楦叭吻巴鶜W洲,因此天宮櫻作為代理隊(duì)長率領(lǐng)著花組持續(xù)奮鬥。就在神山暫時(shí)歸國時(shí),身旁多了一名未曾謀面的少女「克菈菈(クラーラ)」,原來他是因?yàn)樵夥昃薮笞児蕷绲哪箍迫A擊團(tuán)所僅存的生還者。受到神山所託,克菈菈成為了花組的一員。但與此同時(shí),卻有人以莫斯科華擊團(tuán)的名義,於帝都出現(xiàn)。究竟克菈菈到底真實(shí)身分為何?本已毀滅的莫斯科華擊團(tuán)前往帝都的目的又是甚麼?