改編自漫畫作品的《來自深淵》故事講述在秘境「深淵」的大洞穴裡，棲息著奇妙奇怪的生物，沉眠著現在的人類無法制造的貴重遺物。孤兒莉可，夢想著有朝一日成為母親那樣偉大的探窟家，並解開「深淵」的謎團。在某一天，莉可在探索深淵的途中，撿到了有著少年樣貌的機器人「雷格」，一埸波濤洶湧的冒險就此展開……

 

　　而在後編中，莉可與雷格逐漸潛入深淵，不停向下的兩人，遭遇了無數危險襲擊，卻也從中結交許多夥伴。最終，一行人在度過重重困難與阻礙後，總算跨越五層深界，抵達了深淵第六層的祭壇……兩人並開始了繼續往下探險的旅程。