動畫《虛擬入口》故事描述，主角 Makoto 擁有觸摸物體就可以讀取其記憶的特殊能力。他隱瞞著這個無法控制的力量，於警界任職約聘特殊調查員。一日，他在調查一起原因不明的爆炸意外時，在唯一生還者 Sarah 手上戒指的殘留記憶裡，看到人們被紅光吞噬消失的光景。遇上追殺 Sarah 的 Jack 而開始逃亡，他也因此被捲入一場巨大的陰謀當中。

 

　　這個世界的都市和建築物，是分別由綠色陣營的「啟蒙軍（Enlightened）」和藍色陣營的「反抗軍（Resistance）」所建立出來的「控制區域」… 為了爭奪自古以來就一直干涉人類精神的未知物質「XM（エキゾチックマター）」，Makoto、Sarah、Jack 被捲入雙方陣營的戰爭裡。眼前所能見的事物，不一定就是真實。不可預測的科幻劇場，如今逐漸露出真身。一場以能影響人類精神的神秘物質「XM」為中心的戰爭，正要開始――。