《名偵探柯南：純黑的惡夢》故事敘述，某個間諜趁隙滲透日本警方，欲竊取各國情報局的機密檔案，包括英國 MI6、德國 BDN、美國 CIA，甚至還有 FBI 等各國諜報機構(gòu)。幸好安室透（波本）領(lǐng)導(dǎo)的日本公安局及時趕到，間諜想利用偷來的車逃脫，於高速公路上展開激烈追逐戰(zhàn)，其他的車輛也被捲入，千鈞一發(fā)之際，卻被 FBI 探員赤井秀一的來福槍擊中，從公路墜下懸崖。

 

　　隔天，柯南一行人前往東京的一間水族館，意外發(fā)現(xiàn)一名受傷的女子。她的雙眼有著不同的顏色，仔細一看她的兩隻眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼” ，且失去了記憶。柯南一行人誓言要陪著她、幫助她找回記憶。在此同時，「苦艾酒」其實正在幕後，偷偷的觀察著一切！只見她拿出一個消音器，對著一個對講機說道：「一切都依照計畫！琴酒」，前所未有的大危機朝向柯南逼近之中！名偵探 vs.黑暗組織 vs. FBI vs. 公安 vs…？！