《名偵探柯南:純黑的惡夢》是《名偵探柯南》系列第 20 部劇場版。原作者 青山剛昌也親自參與了本作的劇本製作工作,並交由日本知名搖滾樂團 B'z 擔綱主題曲演唱。
《名偵探柯南:純黑的惡夢》故事敘述,一個月黑風高的晚上,某個間諜趁隙滲透日本警方,欲竊取各國情報局的機密檔案,包括英國 MI6、德國 BDN、美國 CIA,甚至還有 FBI 等各國諜報機構。幸好安室透(波本)領導的日本公安局及時趕到,間諜想利用偷來的車逃脫,於高速公路上展開激烈追逐戰,其他的車輛也被捲入,千鈞一發之際,卻被 FBI 探員赤井秀一的來福槍擊中,從公路墜下懸崖。
隔天,柯南一行人前往東京的一間水族館,意外發現一名受傷的女子。她的雙眼有著不同的顏色,仔細一看她的兩隻眼睛的瞳孔顏色不一樣,也就是俗稱的“陰陽眼” ,且失去了記憶。柯南一行人誓言要陪著她、幫助她找回記憶。在此同時,「苦艾酒」其實正在幕後,偷偷的觀察著一切!只見她拿出一個消音器,對著一個對講機說道:「一切都依照計畫!琴酒」,前所未有的大危機朝向柯南逼近之中!名偵探 vs.黑暗組織 vs. FBI vs. 公安 vs…?!