《馬達加斯加爆走企鵝》故事描述企鵝幫四隻企鵝—老大、菜鳥、涼快及卡哇伊，這四隻最逗趣又神秘的鳥兒，從小到大就是密不可分的好麻吉，後來它們碰上了企圖要消滅所有企鵝族群的大反派—大章博士，企鵝幫必須挺身而出與大章博士對決。除了它們本身已練就好的密探好身手外，這次它們更需要放風所的協助，以及更多高科技的武器，來對抗大壞蛋。宛如詹姆士龐德亦或是《不可能的任務》裡的高手特工，企鵝幫上山下海闖盪天涯，但也鬧出一籮筐的笑料。